至于卢象升，则是太过于刚正，对于违反军纪的贺人龙、艾万年两军将士，丝毫不考虑任何特殊情况，一心想要严明朝廷的法纪。
了解了总参谋部成员们的态度后，朱由检思考了片刻，便对着一边的孙承宗说道：“孙先生，朕看孙、卢两位参谋说的主张，都有一定道理。不如这样，朕也说说自己的意见，然后你们再讨论一下，争取尽快拿出一个办法，我们总不能让陕西平乱将士陷入不安，到时陕西的局势就更难收拾了。”
孙承宗对着皇帝点了点头说道：“还请陛下训下，臣等都聆听陛下的想法，也好让讨论有个方向。”
朱由检这才转头，扫视了一眼会议桌前就坐的参谋们，方才缓缓说道：“朕觉得，卢卿说的还是对的。大家都想一想，朝廷为什么是朝廷，就是因为朝廷掌握了执政之权，没有执政之权，就不会有所谓的朝廷。
执政之权，就是政权。什么是政权，就是镇压之权。朝廷如果没有镇压不服王令的地方之权，又凭什么可以号令天下，施政于四方？朝廷依靠什么来镇压四方，不就是依靠于军队吗？如果朝廷制定的军纪约束不了军队，那么我们还怎么依靠这只军队去镇压反对朝廷的地方势力？那不就是藩镇重现吗？
所以，军队是国家最重要的柱石，没有军队的朝廷，就不能称之为朝廷。因此，此次陕西、山西的地方军队违背军纪的行为，必须要得到惩戒，否则就不足以彰显朝廷现在对军队还是有控制能力的，这比区区一两只地方军队的反叛更具危险性。”
听到崇祯这么说，卢象升紧绷的脸顿时放松了下来，虽然他极力坚持自己的主张，但是在参谋部内支持他的人却不多，如今得到了皇帝的支持，他自然觉得事情也许还有转机，可以为无辜被杀的平民讨还公道。
不过就在孙传庭按捺不住，想要对崇祯说点什么的时候，朱由检却又改变了口风说道：“…但是，我们也应当看到。地方军队不守军纪，并不是从朕登基开始的，而是很久之前就已经出现了。边军也好、卫所军也好，这些军队的腐化，都是先从军官克扣军士口粮和饷银开始，上行下效之下，这才有了军队出征时的难以约束。
所以，我们也不能不顾前因后果，就这么打着约束军纪的口号，惩罚一批犯了军纪的将士，就算了事了。这并不是解决问题的办法，而是压制矛盾的做法。只要将士们无法得到应有的供给和军饷，被压制下去的矛盾必然会爆发出来，甚至会比今日更为猛烈。
朕以为，我们应当把这场平乱战事分成两个部分，作战期间和战后期间。在作战期间犯下的错误，也许只是将士们见血之后的一时冲动，因此应当以教育为主，惩罚为辅助。
但是对于战斗结束之后出现的违反军纪现象，就要严惩不贷，以儆效尤。而在军纪之中，朕以为有两条应当作为铁律，任何人不得触犯，犯者必死。第一就是杀戮平民冒功；第二是奸淫妇人。
洪亨九在这场战事中的责任，由内阁派员去处置。但是贺人龙、艾万年两军在这场战事中违反的军纪，必须由总参谋部派员下去整顿。贺人龙、艾万年两人在军纪整顿完成之后，便让他们上京城学习一段时间。
当然，有惩罚也要有奖励。怎么说这两只军队都替朝廷平息了陕西的民变，因此总参谋部派员下去，也要计功授勋。这笔款项，朕会让人准备好，到时通过山西银行进行发放…”
崇祯的主张虽然偏向了卢象升一些，但是并没有完全否定另一方，因此参谋们大多数都点头支持了皇帝的意见。
孙承宗思考了一会，便向崇祯小声说道：“陛下既然认为有整顿两军，严肃军纪的必要。那么臣建议，不如将这两只军队顺势整编为新军一部，让左良玉所部前出编练两军，以防止整顿两军军纪时，有人闹事。”
朱由检点了点头道：“先生说的是，有备无患总是好事，就按照先生的意见去做。不过先生以为，谁去整肃这两只军队为好？”
孙承宗在茅元仪、孙传庭、卢象升三人身上打量了许久，转头向着崇祯说道：“还是伯雅去比较合适，他本是山西人，容易和两军将士进行沟通。且伯雅性格宽厚，行事较有分寸。”
朱由检也打量了孙传庭一眼，良久之后方点头说道：“也好…”
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