小智在橘子群岛的旅行继续着，而他的研究，也同时在进行。
小智觉得自己前世所学的不少东西，在这个世界依旧可以运用，比如说前世的那些数理知识等等。不过在这里要重点提到的，却是那些物种起源之类的知识。小智最近在研究的便是物种的进化，这种进化并不是小精灵进化的方式——例如皮卡丘进化成雷丘这样子，准确的来说，应该是“演化”。
小智觉得猫类的小精灵，有这样几个进化组：关东的喵喵/猫老大，方缘的向尾猫/优雅猫，新奥的卷尾猫/肥臀猫，以及伊修的欺诈猫/利爪豹猫。这些小精灵现在看上来都没有什么相似之处，但是小智猜测在亿万年之前，他们应该是同一种小精灵/生物。只是因为地域的隔绝，造成了它们“演化”方向不一样，久而久之基因便固定了，变成了不同的小精灵。
而要进行这个研究，小智便打算先以手中的走路草为研究对象，受橘子群岛这个地域影响的它，很明显将会有不少的地方与众不同，正可以作为一个绝好的对照组。
而接下来的旅程，小智遇到的几起事件，更是大大地为他的研究作了例证。
在赶走了利用素利普控制小精灵的亚马多和小三郎之后，小智一行人认识了寻找水晶大岩蛇的少年阿功以及他的妹妹正美。
小智对这个课题很感兴趣，便决定众人一起帮忙寻找。
经历重重地搜索，终于众人来到了水晶大岩蛇所在的地方（在这里感谢为大家提供雷达的小健和他的玛丽露、毛球）。在这个充满了水晶矿物质的海边岩洞里，小智他们遭遇了水晶大岩蛇。
在战斗的过程之中，小智使用了戴在耳朵上的分析装置，了解到水晶大岩蛇的体制十分的特殊，似乎并不属于岩石属性——因为它并不怕水，反而比较怕火。最后，小智让河马王一招神通力打败了它。而协助作战的阿功则在对战的过程之中领悟了如何制作玻璃饰品的诀窍，便没有收服水晶大岩蛇。
而小智则将水晶大岩蛇收服之后，开始了数据研究。经过调查研究之后，小智发现水晶大岩蛇的属性已经不算是十七种属性中的任何一种了，小智便将其命名为“晶”属性。该属性近似于岩石属性，但是水属性免疫，火属性两倍伤害，而草属性依旧不变是两倍伤害。但是同时，水晶大岩蛇似乎对于一些光线组成的绝招有着免疫甚至反弹的作用（此构思出自起点的某篇同人，我已经不记得了）。小智在进行了数据处理之后，便将岩洞内的矿物之类的采集了一些，然后连同报告一起寄给了大木博士，而水晶大岩蛇，则让大木博士研究完毕之后，交给阿功放生——好像这水晶大岩蛇很喜欢这里的环境（小智交流得知的），反正小智也不是一定要收服他，而会培育大岩蛇的小刚也不在这儿，所以他打算研究完毕之后，就放生好了。
之后，大家因为一次意外，来到了只有粉红色小精灵的平柑岛上。
在这里小智决定就此进行一下研究。在得到了君沙小姐的同意之后，小智与小建一起对这里的树果进行了分析，然后给几只代表性的小精灵进行了体检。小智发现，这里的小精灵多是受树果的影响变成了红色。但是天长日久下来，它们的基因已经在环境选择之中固定在了粉红色之中。所以现在的它们如果生下了后代，就算不吃树果，也依旧是粉红色的。
火箭队的果然贼心不死，再一次发挥了它们牛皮糖般的黏功。不过，这一次胖丁出现，将大家再次的催眠了。小智这一次见到他时便做了准备，所以并没有什么事情，终于逃过了一劫。
在结束了平柑岛的研究之后，小智一行人来到另外的一座小岛上。在这座小岛上，小智收服了一只大奶罐，调教好之后然后送回了家，并且跟妈妈打了招呼，让她多喝牛奶和蜂蜜，这样子对健康和美容都有好处。对此，花子妈妈直夸小智孝顺，并说等他回来了，就给他做好吃的牛奶蜂蜜点心。
只是没有想到的是，这座小岛居然是化石盔组成的，在红月的那一天，突然所有的化石盔从沉睡之中苏醒了过来，导致这座小岛开始分崩离析。好在小智在发现不对之后，联系了四天王的渡，让他帮忙带船过来救援。就是这样，岛上的居民才逃过一劫。
而见到了渡的小智十分的开心，两个人在船上开心的聊着天，皮卡丘也调皮的在渡的快龙身上爬来爬去，让快龙十分的无奈。
“渡，看到这里的化石盔，我突然想起了之前送给你的化石翼龙，他怎么样了？”
“还不错，”渡故意揉了揉小智的脸，“现在他可是我手中的王牌之一，在速度方面他已经超过了我的快龙了。”
“真的啊！”小智十分的开心，“我就说，他一定适合你。如果是我的话，恐怕发挥不出他的实力呢！”
“不要失去自信啊！小智，我相信以你的天赋，只要一年，估计就可以很好的使用它了。”渡笑着揉了揉小智的头发。
“虽然知道你可能是在安慰我，不过，”小智吐了吐舌头，“我还是蛮开心的。”
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