第二次忍界大战时期，两名木叶忍者闯入长门家里。误以为长门的父母是敌人将其父母杀死。害怕的长门无意识开启轮回眼，将入侵者杀死。失去父母的长门从此过着流浪的日子…
后来晕倒在路上被经过的小南救起，并把长门带到了一个基地里结识了弥彦，同为战争孤儿的三人决定相依为命。
一天三人走在路上险些被天上落下绑有引爆符的苦无击中，随后三人发现在不远处雨隐之村的首领半藏正与三位木叶忍者（后来的木叶三忍）交战。
当时沦为三大国主战场的雨隐之村战乱不断。回去之后，长门和弥彦、小南为了得到力量使自己变强，能改变这个常期战乱不断的国家，决定跟之前和半藏交战的三位木叶忍者学习忍术。
于是三人一起开始踏上了寻找木叶三忍的旅途……
历经艰险，三人终于遇到木叶三忍。
后来自来也决定留下照顾战后孤儿，就当是对这个饱受战火的国家的补偿。
第二次忍界大战结束后，雨隐之村还处于动乱时期，依旧有一些忍者为了抢夺食物财产甚至为了报复去骚扰雨忍村民，这段时间长门三人在自来也的教导下学习忍术。
三年后，自来也看到三个孩子可以独立了，把和平的重任托付给了长门就离开了他们。
长大后的三人以弥彦为首创立了晓。立志不靠极端武力来创造世界和平，之后有许多人加入了这个组织，晓逐渐壮大并声名鹊起。
远在木叶的自来也还偶尔听到他们的战斗事迹。
中途宇智波带土（此时身份为宇智波斑）曾经找过长门，并试图拉拢长门等人，但被长门和弥彦拒绝。
当时的雨隐之村首领半藏受到志村团藏的蛊惑，害怕他们势力的扩大会威胁到自己的统治地位，所以半藏欺骗他们说，想借用他们的力量，向火、风、土三大国提出和平的交涉提案（因为雨隐之村处在三大国的交接处，战略地位非常重要，而且当时第三次忍界大战十分激烈），弥彦答应了他的请求。
但是他们到了会谈的地点，才发现这是个圈套，半藏勾结团藏，在会谈地点埋伏，参与抹杀他们三个的还有木叶的暗部。半藏以事先擒获的小南的性命作要挟让长门杀了弥彦，弥彦为了救小南让长门杀了自己。
在不知如何选择之时，弥彦撞到了长门的苦无上，倒在了长门身旁。就当半藏要将他们全部杀死的时候，长门挡住了半藏的手下的所有攻击，然后救下小南，shuang腿中了半藏的火遁·起爆炎阵。
眼见遭受欺骗，挚友又死在自己面前，在极度愤怒之下使用轮回眼召唤出外道魔像，震惊了全场所有人。
之后木叶的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取灵魂，半藏、团藏落荒而逃。
弥彦死后，长门成为了晓的首领，并使用轮回眼制出了尸体傀儡佩恩六道，弥彦的遗体被长门制作成为佩恩六道之中的天道佩恩，用来统率晓组织。
后来，半藏被长门控制的佩恩六道所杀，从此长门支配了雨隐之村。
自来也为打探晓首领的情报，潜入了雨隐之村。
之后见到了佩恩及小南，这才知道原来晓首领佩恩是自己在第二次忍界大战末期在雨隐之村所收的徒弟——长门。
冷酷无情的佩恩已不再顾念师徒之情，师徒之战一触即发。自来也使出仙人模式，并召来两位蛤蟆仙人（深作及志间仙人）相助，成功打败了三个佩恩。
但因不了解佩恩六道的能力，所以最终被佩恩六道打败而牺牲。
最后自来也查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，佩恩六道均为傀儡忍者，受长门操控）。
旋涡鸣人看了旋涡长门的故事，眼角有泪水滑落，对他好的人不多，好色仙人绝对是其中对他最好的一个，大怒道：“好色仙人照顾了你们，教会了你们忍术，为什么要杀好色仙人？”
重温了自己的一生，看到了很多自己曾经没有看过的细节，深深触动了旋涡长门的内心，他压制着自己内心的伤感和悲痛，冷声道：“这个世界，多灾多难！战争从未停止过！我要世间人都了解痛苦，创造真正和平的世界，没有战争的世界！自来也老师，一定会理解我的，他的牺牲不会白费！”
清明看书天天乐，充100赠500VIP点券！
立即抢充(活动时间：4月4日到月6日)
喜欢火影：开局一双轮回眼请大家收藏：(www.zhuiyo.com)火影：开局一双轮回眼追哟文学更新速度全网最快。