毛文龙遣将收复金州和旅顺等地，开辟了辽东战场的新局面。使得登莱、旅顺、皮岛、宽叆连为一线，解除了后金所占领的旅顺对山东半岛的军事威胁，令大明的两千里海疆得到巩固，并完成了对后金的海上封锁，加重了后金统治区内粮食紧张的状况。
但金州孤悬海外，易攻难守，不久张盘为后金所*又退居麻洋岛。登莱巡抚袁可立奏报朝廷：“刘爱塔事泄而金州空，沈有容以兵寡不可守，而张盘入据。闻金州有人率众*张盘于麻洋岛，此金州复而不复之实也。”
天启三年秋，巡抚袁可立进行了一系列的战略布局，使大兵出关东下，旅顺犄角夹攻，以图建立恢复之功。
九月，毛文龙布置在后金统治区的细作飞报，努儿哈赤准备西征攻打山海关一线。为了牵制后金，毛文龙亲统三万大军，直捣后金故都赫图阿拉，以攻其必救。后金在赫图阿拉以南的崇山峻岭之中，设有董骨寨、牛毛寨、阎王寨三座要塞，深沟高垒，易守难攻，是其起家时的根本。九月十三日，毛文龙率部攻克董骨寨，激战至十六日，占领牛毛寨、阎王寨，将后金守敌全部消灭。十七日，后金军反攻，想夺回三寨，毛文龙设伏以待，将后金军包了饺子，大获全胜。努儿哈赤闻得后方生变，不得不放弃西征打算，率四万大军来救。考虑到孤军深入，师老兵疲，而牵制努儿哈赤的战略目标已经完成，毛文龙遂决定主动撤出战斗。
“牛毛寨大捷”之后不久，毛文龙又再次重创后金军，取得了“乌鸡关大捷”。
时任辽东督师孙承宗在“牛毛寨大捷”之后，欣喜异常，上奏称赞说：“臣接平辽总兵毛文龙呈解屡获首虏，随行关外道袁崇焕逐一查验三次，首级三百七十一颗，俱系真正壮夷，当阵生擒虏贼四名，俱系真正鞑虏。差令中军官集将士于衙门外，三炮三爵。臣时在宁远，适春赏夷人，虎酋等部俱到。特令各官解其首虏，经各赏夷部落，乃抵宁远。不独风示边人，抑亦见天下尚有杀贼之人，贼自有可灭之日！一时人心，殊觉感动。因念文龙以孤剑临豺狼之穴，飘泊于风涛波浪之中，力能结属国，总离人，且屯且战，以屡挫枭贼，且其志欲从臣之请，牵其尾，捣其巢，世人巽懦观望，惴惴于自守不能者，独以为可擒也，真足以激发天下英雄之义胆，顿令缩项敛足者愧死无地矣。”
登莱巡抚袁可立亲自为毛文龙请功道：“毛文龙统兵深入阎王寨，与奴贼大战，斩级三百七十一颗，生擒真夷四名，请发赏功银两。”天启皇帝指示“毛文龙并各将吏功次，着即行勘叙”。
天启三年，后金常出没于长山、旅顺间，漕艘贾舶多为所梗。袁可立于皇城岛请设参将、守备各一员，练兵三千，以为登莱屏障。又设游兵两营，飞樯往来策应于广鹿诸岛。制炮设墩，旌旗相望。于是后金水师不敢再接近。秋收之后，后金军又来大肆侵略，袁可立设伏，乘风纵火将后金粮草焚毁。后金军十分恼怒，展开了一系列的报复行动。而袁可立早有所料，先期集兵分道以应，并夜酣战，俘斩无数，遭到伏击的后金军大败而归，朝野以为设镇以来自未有此捷也。
当年十月初五，总兵毛文龙复命张盘收复复州和永宁。当时，后金复州驻军横行无忌，四处掳掠百姓。张盘利用辽民对后金军的痛恨，乘夜袭城，大破之。后金不甘心失败，调集了更多的军队反击，张盘于城中设伏，再次大败后金军，斩获无数，后金军器械、铳炮俱掷弃而奔。
天启四年正月初三，后金利用海水结冻，以万余骑兵绕袭旅顺，想报上次失败之仇。张盘死守城池，火药用尽，犹坚守不降。后金军无计可施，遣使议和，张盘立斩于军前，复于旅顺城外设埋伏，大败后金军。后金军只得撤走。
如天启五年正月，努儿哈赤率兵进攻宁远。毛文龙即派部将林茂春、王辅率军进攻海州，派部将杜贵、曲承恩直入沈阳，并且行动极为迅速。努儿哈赤在宁远城下仅仅呆了两天，就不得不撤回去救援老巢。
天启七年初，后金首领皇太极一面派遣方金纳为首的九人代表团，前往宁远与时任辽东巡抚袁崇焕议和，以迷惑大明。一面派镶蓝旗旗主阿敏、镶白旗旗主阿济格、镶红旗旗主岳托，贝勒济尔哈朗、杜度、硕托，总兵李永芳等人率大军攻打东江镇，以解决心腹之患。朝鲜为自保，向后金大军提供朝鲜服装，冒充朝鲜军围攻铁山。铁山都司毛有俊等率千余名守军与后金大军血战，战至最后一卒，无人肯降。
随后，后金骑兵乘冬季冰坚，进攻与铁山仅三里之隔的云从岛。毛文龙率部英勇反击，派部将毛有见、尤景和等逆袭后金军。双方在冰面上展开激烈战斗。东江健儿面对武器、装备和人数都占绝对优势的后金军，毫无惧色，浴血奋战，双方互有杀伤，后金军强攻多日，始终不能前进一步。后金主帅阿敏见部队伤亡太大，占不到半点便宜，遂迁怒于朝鲜人，转而进攻朝鲜义州和安州，攻破城池，大开杀戒。得手后，又率大军移向朝鲜首都王京，准备灭掉朝鲜称王，朝鲜国王李倧一面仓皇出逃，一面遣使向大明和毛文龙请罪，说引导后金攻击毛文龙不是自己的主意，而是臣子所为，请求援救。
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